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在诉讼实践中我们遇到的合同中约定仲裁条款中存在的问题主要有：
1、在合同中约定了仲裁地点但没有约定仲裁机构，或虽然有约定，但约定的仲裁机构名称的方式、术语不规范。如：“发生争议在合同签订地(履行地)仲裁解决”、“在争议所在地仲裁解决”、“争议由本市仲裁机关仲裁”、“争议由本市有关部门仲裁”、“争议在当地仲裁委员会仲裁”、“争议由ⅹⅹ市经济合同仲裁委员会仲裁”等。以上这些约定，在纠纷发生后，申请仲裁时，会被认为约定不明确而不予受理仲裁申请。
2、在合同中同时约定两个仲裁机构。如有的合同中约定：“争议可提交a市有关仲裁机构仲裁或b市有关仲裁机构仲裁”。这样的约定，往往在纠纷发生时双方当事人会就申请何地仲裁机构仲裁发生分歧，此时根据新仲裁法解释第五条之规定：仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁;当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。可以说，这样的约定不仅没有达到简便快捷地解决纠纷的目的，反而增加了不少麻烦。
3、在合同中既约定仲裁，又约定诉讼。如有的合同中约定：“发生争议可向合同履行地(签订地)仲裁机关申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉”、“争议由合同履行地仲裁机关仲裁，对仲裁不服，向人民法院起诉”等。根据我国仲裁法及仲裁法解释的规定，由于这种协议既约定了仲裁又约定了诉讼，违反了仲裁的惟一性和终局性，会被仲裁机构认定为无效约定，其仲裁申请不被受理。